2002年、 Tim Kemp は Subversion が大変すぐれたバージョン管理システムなのに、使いやすい GUI クライアントがないことに気がつきました。 Windows のシェルに統合した Subversion クライアントという考え方は、 TortoiseCVS という良く似た CVS クライアントにヒントを得ました。 彼は TortoiseCVS のソースコードを解析し、 TortoiseSVN の元にしました。彼はそれからプロジェクトを開始し、 tortoisesvn.org のドメインを登録し、ソースコードをオンラインに公開しました。

同じ頃、 Stefan Küng はフリーの良いバージョン管理システムを探していて、 Subversion と TortoiseSVN に出会いました。 TortoiseSVN はまだ開発中でしたので、彼もこのプロジェクトに参加しました。彼はすぐに、既存のコードの大部分を書き直して、コマンドや機能を追加し始め、オリジナルのコードが全く残らないほどになりました。

Subversion が安定するにつれて、 Subversion クライアントとして TortoiseSVN を使用するユーザーがどんどん増えてきました。ユーザー層は急速に拡大しました（そして日々拡大しています）。 Lübbe Onken は TortoiseSVN のロゴとアイコンをデザインしました。また彼は、ウェブサイトと翻訳の管理をしています。