2002年、 Tim Kemp は Subversion というすばらしいバージョン管理システムと出会いましたが、使いやすい GUI クライアントが不足していました。Windows シェル統合した Subversion クライアントというアイディアは TortoiseCVS という CVS 用の似たようなクライアントから着想しました。

Tim は TortoiseCVS のソースコードを解析し、TortoiseSVN の基礎に利用しました。その後プロジェクトを開始し、tortoisesvn.org ドメインを登録し、ソースコードをオンラインに配置しました。この間、Stefan Küng はフリーの良いバージョン管理システムを探していて、Subversion と TortoiseSVN のソースコードに出会いました。TortoiseSVN はまだ使い物になりませんでしたが、このプロジェクトに参加しプログラミングを始めました。Stefan はすぐに、オリジナルのコードが全く残らないほど既存のコードをほとんど書き換え、コマンドや機能を追加していきました。

Subversion が安定するようになるにつれて、Subversion クライアントとして TortoiseSVN を使用するユーザが増えてきました。ユーザベースは急速に拡大しました (そして日々拡大しています)。Lübbe Onken は TortoiseSVN のロゴとすばらしいアイコンで協力すると申し出てくれました。また彼はウェブサイトと翻訳の管理をしてくれています。