2002年、Tim KempはSubversionが大変すぐれたバージョン管理システムであると知りましたが、使いやすいGUIクライアントがありませんでした。Windowsのシェルに統合するSubversionクライアントという発想は、TortoiseCVSという良く似たCVSクライアントにヒントを得ました。彼はTortoiseCVSのソースコードを解析し、それをTortoiseSVNの元にしました。彼はそれからプロジェクトを開始し、tortoisesvn.orgのドメインを登録し、ソースコードをオンラインに公開しました。

同じ頃、Stefan Küngはフリーの良いバージョン管理システムを探していて、SubversionとTortoiseSVNに出会いました。TortoiseSVNはまだ開発中でしたので、彼もこのプロジェクトに参加しました。彼はすぐに、既存のコードの大部分を書き直して、コマンドや機能を追加し始め、当初からのコードが全く残らないほどになりました。

Subversionが安定するにつれて、SubversionクライアントとしてTortoiseSVNを使用するユーザーが増加していきました。ユーザー層は急速に拡大しました（そして日々拡大しています）。Lübbe OnkenはTortoiseSVNのロゴとアイコンをデザインしました。また彼は、ウェブサイトと翻訳の管理をしています。

時間が経つにつれて、他のバージョン管理システムもそれぞれのTortoiseクライアントを持つようになり、エクスプローラーのアイコンオーバーレイで問題を起こすようになりました。オーバーレイの数は上限があり、Tortoiseクライアント1つでも容易に上限に達してしまいます。Stefan KüngがTortoiseOverlaysコンポーネントを実装し、すべてのTortoiseクライアントで同じアイコンオーバーレイが使えるようになりました。現在はすべてのTortoiseクライアントがオープンソースであり、Tortoise以外のクライアントもコンポーネントを共有できるものがあります。