設定によっては、多くのボタンが表示されたツールバーやリボンが表示されます。各ボタン上でマウスポインターを停止すると、機能を説明するツールチップが表示されます。

ウィンドウの左側にはロケーターバーがあります。これによって、ファイル中のどこに変更があるのかを概観することができます。ロケーターバーは3列あります。左の列は左画面を、右の列は右画面を、中央の列は（表示されている場合）下画面を表しています。1画面表示時は左の列のみ表示されます。ロケーターバーは、各画面を同時にスクロールさせるスクロールバーとしても使用できます。

単語をダブルクリックすると、文書中の単語の出現位置が、メイン画面とロケーターバーの両方で強調表示されます。強調表示を解除するには、もう一度単語をダブルクリックします。

左マージンをクリックしたり、行をトリプルクリックしたりすると、行全体を選択することができます。

下部ウィンドウの下にはステータスバーがあります。 Theirs と Mine の追加・削除行数や、解決されていない競合数が表示されます。また、使用されている改行文字や、 TortoiseMerge が検出した文字エンコード（ASCII、 UTF-8、 など）、 UTF-8 のファイルのバイトオーダマーク（BOM）の有無も表示されます。改行文字や文字エンコードは、この表示の該当する列をダブルクリックすることで変更することができます。ダイアログボックスが表示されます。ステータスバーの左側には、マウスでコントロールを指した時にヒントが表示されます。