たまたま無視するはずのファイルを追加してしまったら、どのようにしたらそのファイルを失わずにバージョン管理下から外せるのでしょうか? おそらくプロジェクトの一部ではない、しかし長時間かけてお好みに設定した IDE の設定ファイルがあることでしょう。
まだコミットしていなければ、 → で追加を取り消せば済みます。また間違えて追加しないように、そのファイルを無視リストに追加しておくといいでしょう。
ファイルが既にリポジトリに入ってしまっていたら、もう少し手を動かさなければなりません。
Shift キーを押しながら拡張コンテキストメニューを表示し、 → を使用して、ローカルコピーを消さずにマークしたリポジトリのファイル・フォルダを削除してください。
親フォルダで、 → としてください。
また同じトラブルに見舞われないように、そのファイル・フォルダを無視リストに追加します。